Το Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. διοικείται από τον Αντιπρύτανη Οικονομικών, Προγραμματισμού και Ανάπτυξης, Καθηγητή Δρ. Γεώργιο Ιορδανίδη, ως Πρόεδρο (παρ. 5, άρθρου 48 Ν.4485/17) και το Συμβούλιο του Κέντρου, το οποίο αποτελείται από εκπροσώπους των Σχολών του Ιδρύματος, μετά από εισηγήσεις των οικείων Κοσμητειών (παρ. 7, άρθρου 48 Ν.4485/17).
Διευθυντής του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. είναι ο Αναπληρωτής Καθηγητής Δρ. Δημήτριος Φωτιάδης. Σύμφωνα με τον Κανονισμό του ΚΕΔΙΒΙΜ (Φ.Ε.Κ. 443Β’/13-2-2020), το Συμβούλιο ενημερώνεται για τη λειτουργία του Κέντρου, εισηγείται την έγκριση των προγραμμάτων που υποβάλλονται από τους Επιστημονικούς Υπεύθυνους και διασφαλίζει την έγκαιρη αντιμετώπιση τυχόν προβλημάτων που προκύπτουν.
Το Συμβούλιο του Κέντρου σαφώς έχει όλες τις αρμοδιότητες της παραγράφου 8 του άρθρου 48 του Ν.4485/2017 και επιπρόσθετα τις παρακάτω αρμοδιότητες:
1. Εισηγείται για την έγκριση της γενικής πολιτικής σχετικά με τα εκπαιδευτικά προγράμματα του Κέντρου.
2. Συγκροτεί την Ομάδα Εσωτερικής Αξιολόγησης του Κέντρου.
Ο Πρόεδρος του Κέντρου έχει όλες τις αρμοδιότητες της παραγράφου 6 του άρθρου 48 του Ν.4485/2017 και επιπρόσθετα τις παρακάτω αρμοδιότητες:
1. Συγκαλεί το Συμβούλιο του Κέντρου, καταρτίζει την ημερήσια διάταξη, ορίζει ως εισηγητή των θεμάτων μέλος του Συμβουλίου. Η πρόσκληση της συνεδρίασης συνοδεύεται από τις εισηγήσεις όλων των θεμάτων της ημερήσιας διάταξης.
2. Υπογράφει τα αιτήματα προς την Επιτροπή Ερευνών και τις εντολές πληρωμής του προσωπικού του Κέντρου.
3. Συγκροτεί, μετά από γνώμη του Συμβουλίου, τις επιτροπές επιλογής εκπαιδευομένων, όπου απαιτείται π.χ. περιπτώσεις προγραμμάτων των οποίων την υλοποίηση προτείνει το ίδιο το Συμβούλιο, σε περιπτώσεις που το απαιτεί ο χρηματοδότης, σε περιπτώσεις όπου αυτό ορίζεται από τις διαδικασίες εγκεκριμένου προγράμματος.
4. Συντάσσει τον ετήσιο προϋπολογισμό και την ετήσια έκθεση απολογισμού του έργου του Κέντρου, τα οποία υποβάλλει προς έγκριση στη Σύγκλητο.
5. Υποβάλλει προς τη Σύγκλητο κάθε δυο έτη την εσωτερική αξιολόγηση του Κέντρου.
6. Έχει την ευθύνη για τη σύνταξη και τροποποίηση του Εσωτερικού Κανονισμού
Λειτουργίας του Κέντρου, τον οποίο εισηγείται προς έγκριση στη Σύγκλητο του Ιδρύματος, μετά από γνώμη του Συμβουλίου.
7. Εισηγείται στη Σύγκλητο του Ιδρύματος συνεργασίες με εξωτερικούς φορείς.
8. Εισηγείται στη Σύγκλητο τον τετραετή αναπτυξιακό προγραμματισμό, καθώς και το ετήσιο πρόγραμμα των δραστηριοτήτων του Κέντρου.
Οι αρμοδιότητες και τα καθήκοντά του Διευθυντή του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. καθορίζονται στην παράγραφο 9 του άρθρου 48 του Ν.4485/2017 και επιπρόσθετα έχει τα πιο κάτω:
1. Υλοποιεί τις αποφάσεις του Συμβουλίου.
2. Συνεργάζεται με τον Πρόεδρο του Συμβουλίου.
Η ένταξη ενός εκπαιδευτικού προγράμματος στο πλαίσιο των δραστηριοτήτων του Κέντρο προϋποθέτει την υποβολή σχετικής πρότασης-αίτησης και την έγκρισή της από το Συμβούλιο. Το Συμβούλιο δύναται να ζητήσει διευκρινίσεις-διορθώσεις σε μία πρόταση, εφόσον κρίνει ότι δεν ικανοποιούνται τα ως άνω κριτήρια. Κατά τη διαδικασία αξιολόγησης το Συμβούλιο έχει επίσης τη δυνατότητα να απευθυνθεί σε ειδικούς για την οριστική διαμόρφωση της κρίσης του. Η απόφαση του Συμβουλίου αποστέλλεται στο Πρυτανικό Συμβούλιο προς έγκριση και μετά την έγκρισή της κοινοποιείται στην Επιτροπή Ερευνών για τις σχετικές ενέργειες της αρμοδιότητάς της.